Отец Яна Стена, Хавик Стен, был пивоваром и торговцем зерном, а мать, Элизабет Капитейн,— дочерью муниципального служащего.Вероятно, живописец сумел получить неплохое начальное образование.

В ноябре 1646 года двадцатилетний Стен стал студентом Лейденского университета. Для поступления в это учебное заведение требовалось знать латинский язык.

Университет не закончил. Некоторые историки искусства высказывают предположение, что он поступал туда не столько ради знаний, сколько ради привилегий, которые давал статус студента (освобождение от службы в рядах городской милиции и уплаты городских налогов на вино и пиво).

Уже 18 марта 1648 года имя Яна Стена появляется в списке только что созданной Лейденской гильдии художников. Заметим, что членом гильдии мог стать только тот, кто прошел обучение у признанного мастера. Вернее всего азы ремесла молодой живописец постигал под руководством Николауса Кнупфера, немецкого художника, жившего в Утрехте. Но, возможно, некоторое время он учился и у Яна ван Гойена. По крайней мере, в его дом Стен был вхож, поскольку 3 октября 1649 года он женился на дочери ван Гойена. Первый ребенок Стенов родился в феврале 1651 года.

Но дела у Стена-пивовара не задались. Хоубракен объяснял это его органической неспособностью заниматься чем бы то ни было, кроме живописи. Мы не оспариваем точку зрения биографа, но, вполне вероятно, неудачи Стена были обусловлены еще и «независящими от него обстоятельствами». 12 октября 1654 года, то есть вскоре после открытия его пивоварни, в Делфте взорвались пороховые склады. Взрыв сильно разрушил город и унес жизни многих людей (среди погибших был и Карел Фабрициус, один из самых талантливых учеников Рембрандта). Естественно, это трагическое событие не могло не отразиться на «бизнесе» художника.

В июле 1657 года Стен бросил свою пивоварню. Теперь он будет всю жизнь называть себя  бывшим пивоваром» и выплачивать долги, которые успел наделать за эти несколько лет. Живописец возвратился в Лейден, а через некоторое время перебрался в Вармонд, небольшую деревушку в пригороде. Здесь, в Вармонде, он прожил с 1658 по 1660 год. До сих пор местные жители с удовольствием показывают любопытствующим путешественникам дом XVII века, где якобы жил Стен. В 1660 году художник перебрался в Харлем и в следующем году стал членом местной гильдии живописцев.

«Харлемский период» (а здесь мастер прожил до 1670-х годов) стал самым плодотворным в жизни Стена. Впрочем, неудачи, которые вечно сопутствовали ему, не оставляли его и здесь. В 1662 году он серьезно заболел и, будучи уже уверен, что в скором времени сойдет в могилу попросил городские власти взять на себя опеку над его детьми. Подпись на этом документе настолько неразборчива (вероятно, рука художника сильно дрожала), что муниципальным служащим пришлось подтвердить ее своими подписями. В 1663 году, однако, Стен выздоровел, и власти Харлема, таким образом, были избавлены от хлопот о несостоявшихся сиротах.

В марте 1665 года война между Голландией и Англией возобновилась. Картины вновь стали никому не нужны. Дела Стена шли в эту пору настолько плохо, что он взял в долг большую сумму денег, хотя еще не расплатился с прежними долгами. В июле 1667 года враждующие державы заключили мир, и голландские художники (а вместе с ними — и наш герой) вздохнули несколько свободнее. Но уже очень скоро новая беда посетила живописца: после тяжелой болезни умерла его жена, оставив его одного с шестью детьми на руках. О том, в какой беспросветной нужде жила в это время семья Стена, красноречиво говорит то обстоятельство, что ему нечем было даже заплатить аптекарю, приготовлявшему лекарства для больной.  

Ок 1670г скончалась и мать живописца, а в марте 1670 года не стало его отца. Зная бедственное положение сына, Хавик Стен оставил ему по завещанию свой дом в Лейдене, и в конце 1670 года художник вместе со своим осиротевшим семейством вернулся в родной город. Этот переезд стал последним в жизни Стена. Вернувшись домой, он восстановил членство в Лейденской гильдии и в последующие годы занимал здесь весьма престижные посты. Это дает нам основания говорить о том,что к 1670-м годам мастер пользовался определенной известностью и уважением. К сожалению, известность не облегчила его материальных затруднений. А в 1672 году началась третья война Голландии с Англией, на стороне которой была теперь еще и Франция. Военные действия продолжались до 1676 года и нанесли сокрушительный удар по экономике страны.Через несколько месяцев после начала войны Стен окончательно понял, что ремеслом живописца не сможет прокормить свою семью, и открыл небольшую таверну. Теперь ему пришлось творить «в свободное от основной работы время».

В 1673 году живописец женился во второй раз — на вдове с двумя маленькими детьми. Биографы склонны истолковывать эту женитьбу как шаг отчаявшегося человека — Стен не мог в одиночку управиться со своими подрастающими отпрысками и таверной. Богатого приданого новая жена художника с собою не принесла — ее муж умер банкротом. Хоубракен пишет, что семья Стенов питалась в это время, главным образом, студнем из овечьих голов и копыт. В 1674 году у четы родился сын и, следовательно, жить им стало еще труднее. 

Точная дата смерти художника неизвестна...